Produkty

Analýza fosforylačných udalostí v celom proteóme je stále hlavnou analytickou výzvou z dôvodu obrovskej zložitosti sietí fosforylácie proteínov.V tejto práci hodnotíme komplementaritu Lys-N, Lys-C a trypsínu s ohľadom na ich schopnosť prispieť ku globálnej analýze fosfoproteómu.Na účinnú separáciu N-koncovo acetylovaných, fosforylovaných a nemodifikovaných peptidov sa použila rafinovaná verzia silnej katiónovej výmeny s nízkym pH.Celkovo bolo možné identifikovať 5 036 neredundantných fosfopeptidov s mierou falošného objavu < 1 % z 1 mg proteínu pomocou kombinácie troch enzýmov.Naše údaje odhalili, že prekrývanie medzi súbormi fosfopeptidových údajov generovaných s rôznymi proteázami bolo okrajové, zatiaľ čo sa zistilo, že prekrývanie medzi dvoma podobne vytvorenými súbormi tryptických údajov je aspoň 4-krát vyššie.Týmto spôsobom paralelné použitie Lys-N a trypsínu umožnilo 72% zvýšenie počtu detegovaných fosfopeptidov v porovnaní s d so samotným trypsínom, zatiaľ čo experiment s replikáciou trypsínu viedol len k 25% zvýšeniu.Keď sa teda zameriame výlučne na údaje o trypsíne a Lys-N, identifikovali sme 4671 neredundantných fosfopeptidov.Ďalšia analýza detegovaných miest ukázala, že súbory údajov Lys-N a trypsínu boli obohatené o výrazne odlišné fosforylačné motívy, čo ďalej dokazuje, že multiproteázové prístupy sú veľmi cenné pri fosfoproteómových analýzach.