Produkty

Nedávno sme uviedli, že pyrénový nukleotid je prednostne vložený oproti abázickému miestu, 3'-T tymínovému diméru a väčšine nepoškodených báz kvasinkovou DNA polymerázou eta (pol eta).Pretože pyrén je nepolárna molekula bez schopnosti viazania H, nezvyčajne vysoká účinnosť inzercie dPMP sa pripisuje jeho vynikajúcej schopnosti skladania báz a podčiarkujú dôležitosť vrstvenia báz pri výbere nukleotidov podľa pol eta.Aby sme preskúmali úlohu H-väzby a geometrie párov báz pri výbere nukleotidov pomocou pol eta, určili sme účinnosť inzercie bázami modifikovaných nukleotidov 2,6-diaminopurínu, 2-aminopurínu, 6-chlórpurínu a inozínu, ktoré by vytvorte rôzny počet H-väzieb so základňou šablóny v závislosti od geometrie páru báz.Zdá sa, že párovanie báz Watson-Crick hrá dôležitú úlohu pri výbere nukleotidových analógov na inzerciu oproti C a T, čo dokazuje pokles relatívnej účinnosti inzercie so znížením počtu Watson-Crickových H-väzieb a zvýšením počet interakcií donor-darca a akceptor-akceptor.Selektivita nukleotidovej inzercie je väčšia oproti 5'-T ako 3'-T tymínového diméru, v súlade s predchádzajúcou prácou naznačujúcou, že 5'-T je držaný pevnejšie ako 3'-T.Okrem toho sa zdá, že inzercia A oproti obom Ts diméru je sprostredkovaná Watson-Crickovým párovaním báz a nie Hoogsteenovým párovaním báz na základe takmer identickej účinnosti inzercie A a 7-deaza-A, z ktorých druhý nemá H- schopnosť lepenia na N7.Relatívna účinnosť pre inzerciu nukleotidov, ktoré môžu tvoriť Watson-Crickove páry báz, je paralelná s účinnosťou pre Klenowov fragment, zatiaľ čo Klenowov fragment silnejšie rozlišuje proti nezhodám v súlade s jeho väčšou tvarovou selektivitou.Tieto výsledky podčiarkujú dôležitosť H-väzby a Watson-Crickovej geometrie párov báz pri výbere nukleotidov pomocou pol eta aj fragmentu Klen ow a menšiu úlohu výberu tvaru pri inzercii pomocou pol eta v dôsledku jeho otvorenejšieho a menšieho rozsahu. obmedzené aktívne miesto.