Produkty

Patogénne molekulárne dráhy pri cirhóze pečene, ako je vírus hepatitídy C (HCV), autoimunitná hepatitída (AIH) a primárna biliárna cirhóza (PBC), sú nedostatočne charakterizované.V patogenéze ochorenia sú často dôležité rozdielne exprimované gény.Supresívna subtraktívna hybridizácia (SSH) je celogenómový prístup, ktorý obohacuje o rôzne exprimované mRNA transkripty.Zamerali sme sa na nové pozorovania diferenciálnej génovej expresie pri cirhóze s použitím SSH v kombinácii s kvantitatívnou reverznou transkriptázovou polymerázovou reťazovou reakciou v reálnom čase (RT-PCR).Pečeňové transkriptómy pri HCV cirhóze, AIH cirhóze, PBC a neochorené pečeňové tkanivo sa skúmali pomocou SSH.Výsledné klony komplementárnej DNA (cDNA) boli opätovne skrínované na rozdielnu expresiu dot-blot hybridizáciou a potom sekvenované.Vybraná génová expresia bola kvantifikovaná pomocou RT-PCR v reálnom čase.Po SSH sa 694 klonov opätovne skrínovalo na rozdielnu génovú expresiu, z ktorých 145 sa sekvenovalo a zistilo sa, že pochádzajú z 89 rôznych génov.Sedem klonov bolo homológnych iba s exprimovanými sekvenciami tagov (EST) kódujúcich gény, ktoré nemajú žiadnu známu funkciu.Upregulovaná expresia štyroch génov bola potvrdená RT-PCR v reálnom čase: transmembránový 4 člen superrodiny 3 (tetraspanín CO-029) vo všetkých formách cirhózy, hedgehog interacting protein (HIP) pri AIH cirhóze a chitináze 3-like-1 (HC gp-39 alebo ykl-40) a opakovanie kyseliny arginín-glutámovej (RERE) pri cirhóze HCV.Polymorfizmy génu RERE a zostrihové varianty boli pozorované vo všetkých skúmaných tkanivách.Up-regulácia tetraspanínu CO-029 bola primárne lokalizovaná v bunkách žlčovodov.Na záver, nové pozorovania diferenciálnej génovej expresie v ľudskej cirhóze sa uskutočnili pomocou SSH ako primárneho nástroja objavovania.Zaručené sú najmä ďalšie štúdie génu RERE a jeho produktov pri ochorení pečene asociovanom s HCV.