Produkty

Membránová topológia domény E1 kanála kolicínu bola študovaná pomocou fluorescenčného rezonančného prenosu energie (FRET).FRET zahŕňal geneticky kódovanú fluorescenčnú aminokyselinu (kumarín) ako donor a selektívne značený cysteínový zvyšok viazaný s DABMI (4-(dimetylamino)fenylazofenyl-4'-maleimidom) ako akceptorom FRET.Fluorescenčný kumarínový zvyšok bol začlenený do proteínu prostredníctvom ortogonálneho páru tRNA/aminoacyl-tRNA syntetáza, ktorý umožnil selektívne začlenenie do akéhokoľvek miesta v doméne kolicínového kanála.Každý variant obsahoval stop (TAG) mutáciu pre inkorporáciu kumarínu a cysteínovú (TGT) mutáciu pre pripojenie DABMI.Šesť interhelikálnych vzdialeností v rámci helixov 1-6 sa určilo pomocou FRET analýzy pre rozpustný aj membránovo viazaný stav.Údaje FRET ukázali veľké zmeny v interhelikálnych vzdialenostiach medzi špirálami 3-6 po asociácii membrán, čo poskytuje nový pohľad na membránovo viazanú štruktúru kanálovej domény.Vo všeobecnosti sa interhelikálna účinnosť kumarínu-DABMI FRET znížila po väzbe na membránu, pričom vychádzala zo zastrešujúceho modelu pre kolicínový kanál.Predbežný model pre uzavretý stav kanálovej domény bol vyvinutý na základe súčasných a predtým publikovaných údajov FRET.Model navrhuje kruhové usporiadanie helixov 1-7 v smere hodinových ručičiek z extracelulárnej strany a membránové medzifázové spojenie helixov 1, 6, 7 a 10 okolo centrálnej transmembránovej vlásenky tvorenej helixmi 8 a 9.